В этот период местные жители, не имея собственного храма и посещая богослужения в соседних городах Кисловодске и Ессентуках, обратились с просьбой о создании прихода к благочинному Кавказских Минеральных Вод протоиерею Иоанну Знаменскому и митрополиту Ставропольскому и Владикавказскому Гедеону.
В результате этих обращений администрация Подкумского сельсовета передала епархии здание, ранее принадлежавшее подсобному хозяйству Северо-Кавказского военного округа. Это строение, возведённое в 1959 году, было передано 28 мая 1997 года.
После передачи здания начались работы по его адаптации под храм. Усилиями прихожан и благотворителей были проведены ремонтные и восстановительные работы, в результате которых здание приобрело облик православного храма. 26 августа 1998 года митрополит Гедеон совершил чин освящения храма во имя Живоначальной Троицы.
Внутреннее убранство храма включает ряд святынь: иконы преподобного Феодосия Кавказского, икона Божией Матери «Призри на смирение», икона с мощами великомученицы Екатерины, икона с мощами преподобномученицы Елизаветы, ковчег с частицами мощей преподобного Илариона Троекуровского, а также частицы мощей преподобного Сергия Радонежского и других святых.
В последующие годы при храме были организованы различные приходские структуры: воскресная школа, библиотека, благотворительная столовая, а также подсобное хозяйство. В 2010 году храм получил в дар ковчег для хранения 19 частиц святых мощей. В том же году на повороте с федеральной трассы к храму был освящён столб с иконами Святой Троицы, Божией Матери «Скоропослушница», святого князя Владимира и святителя Тихона Задонского.
