История храма тесно связана с судьбой города Ставрополя-на-Волге, который был затоплен при строительстве Куйбышевской ГЭС в середине XX века. В результате затопления был утрачен Троицкий собор, являвшийся главным храмом города. В 1999 году мэрия Тольятти выделила земельный участок на пересечении улиц Мира и Голосова под строительство нового Троицкого собора. В августе того же года был образован приход будущего собора, избраны приходской совет и ревизионная комиссия. 27 сентября 1999 года архиепископ Самарский и Сызранский Сергий совершил водосвятный молебен и освятил крест на месте строительства. 14 октября 1999 года, проезжая мимо креста, патриарх Московский и всея Руси Алексий II благословил строительство храма.
Строительство было решено осуществлять в два этапа. На первом этапе весной 2002 года началось возведение храма во имя апостола и евангелиста Иоанна Богослова, который должен был использоваться для богослужений на время строительства основного собора. 8 октября 2003 года было совершено малое освящение храма, а позднее его освятил архиепископ Сергий. 10 мая 2013 года митрополит Самарский и Сызранский Сергий освятил колокола для звонницы, сооружённой весной того же года.
На втором этапе планируется строительство основного храма Святой Троицы. В настоящее время богослужения проводятся в храме Иоанна Богослова. После завершения строительства Троицкого собора оба храма составят центральную часть градостроительного ансамбля.
Архитектурно храм Иоанна Богослова представляет собой кирпичное здание с одним куполом и колокольней. Фасады оформлены в традиционном русском стиле с элементами кирпичной кладки и декоративными деталями. Внутреннее убранство включает иконостас и росписи, соответствующие канонам православной церкви.
