Первые упоминания о православных храмах на территории современного Семикаракорска относятся к XVIII веку. В 1726 году в станице Семикаракорской существовала деревянная церковь во имя Покрова Пресвятой Богородицы. В 1768 году казаки станицы обратились к епископу Тихону с просьбой о строительстве нового храма взамен обветшавшего. Новая церковь была заложена 14 октября 1772 года на новом месте, так как станица в это время переселялась из Поповой Грядины в урочище Бугры. Освящение храма состоялось 10 октября 1773 года.
В 1794 году к церкви был пристроен придел во имя Святой Троицы и деревянная колокольня. Однако из-за проблем с фундаментом здание начало крениться, что привело к его закрытию в 1818 году. После ремонтных работ храм вновь открыли, но в 1828 году он был окончательно закрыт из-за аварийного состояния.
В 1845 году началось строительство каменного храма во имя Святой Троицы с двумя приделами: Покрова Пресвятой Богородицы и Архистратига Михаила. Строительство завершилось в 1849 году. Позже рядом была возведена каменная колокольня. В храме особо почиталась икона Казанской Божией Матери, которая, по преданию, была привезена казаками из Азова.
В советский период храм был разрушен. Возрождение приходской жизни началось в конце XX века. 17 июня 1991 года был открыт и освящен Свято-Троицкий приход. Строительство нового храма началось в 1993 году и завершилось в 1995 году. 19 декабря 1996 года архиепископ Ростовский и Новочеркасский Пантелеимон совершил чин освящения храма во имя Пресвятой Троицы.