Храм во имя святых благоверных князей Бориса и Глеба был возведен в 1869–1882 годах на Синопской (до 1952 года — Калашниковской) набережной Санкт-Петербурга. Инициатива строительства принадлежала купечеству Калашниковской хлебной биржи, решившему увековечить спасение императора Александра II после покушения 4 апреля 1866 года. Участок для храма приобретен у коллежского советника С.С. Кашмакова в 1867 году. Закладка состоялась 16 августа 1869 года при митрополите Исидоре.
Проект разработан архитектором М.А. Щуруповым в смешанном стиле, сочетающем романские и русско-византийские элементы. Строительство осложнялось конфликтами с заказчиками и финансовыми трудностями, завершалось под руководством архитекторов А.И. Резанова и С.О. Шестакова. Освящение храма 22 января 1882 года совершил митрополит Исидор. Первоначальный замысел посвящения храма иконе Божией Матери «Всех скорбящих Радость» был изменен по воле Александра III: главный престол освящен во имя Бориса и Глеба, боковые приделы — во имя Феодоровской иконы Божией Матери и преподобного Александра Свирского.
Здание представляло собой пятиглавый крестообразный храм высотой 54 метра с гранитным цоколем. Главный купол украшали 12 барельефов апостолов работы скульптора Э.В. Менерта. Интерьер включал иконостас резчика В.П. Шутова, росписи художников П.П. Коха и В.М. Пошехонова, серебряную утварь мастерской Холщевникова. При храме действовало благотворительное общество (с 1876 года), содержавшее приют для девочек-сирот.
Храм закрыт постановлением Ленсовета 15 июля 1934 года, в здании размещался комбикормовый завод. Полностью разрушен в 1975 году при реконструкции набережной. В 2022 году фрагменты фундамента включены в реестр объектов культурного наследия. С 2019 года ведется подготовка к воссозданию храма по проекту архитектора М. Мамошина на смежном участке с поворотом оси здания на 90 градусов. В июне 2024 года начато строительство временной часовни-ротонды.