Храм святой равноапостольной Марии Магдалины был основан в 1829 году при детской больнице на Васильевском острове. Инициатива его создания принадлежала Попечительскому совету заведений общественного призрения, который выкупил особняк купца И.В. Кусова для переоборудования под лечебное учреждение. Архитектор Д.И. Квадри осуществил перепланировку здания, разместив храм в центральной части второго этажа, в бывшем парадном зале особняка.
Освящение храма состоялось 14 октября 1829 года, в день рождения вдовствующей императрицы Марии Фёдоровны, в честь небесной покровительницы которой он и был назван. Первым настоятелем стал протоиерей Григорий Грацианский, прослуживший здесь более пятидесяти лет. Иконостас работы мастера Егора Степанова был выполнен в одном ярусе с ионическими пилястрами искусственного мрамора. Иконописные работы выполнили академик живописи А.Е. Егоров, художник Лавров и Алексей Травин, создавший также заалтарный образ «Снятие с креста» и храмовую плащаницу.
В 1918 году храм был закрыт советской властью, его имущество частично разграблено, а частично передано в Музей религии. Помещение бывшей церкви использовалось для нужд больницы, при этом сохранились элементы первоначального убранства, включая лепные карнизы с модульонами.
Возрождение храма началось в 2006 году по благословению митрополита Санкт-Петербургского и Ладожского Владимира. Для церковных нужд было выделено здание бывшей больничной котельной на 2-й линии Васильевского острова. Средства на восстановление были собраны за счёт пожертвований верующих и при поддержке Фонда святого Дмитрия Солунского. Малый чин освящения возрождённого храма совершён 20 апреля 2007 года.
На стене храма установлена мраморная доска с информацией об исторической церкви при больнице. Престольные праздники отмечаются 4 мая (день памяти жен-мироносиц) и 4 августа (день памяти святой равноапостольной Марии Магдалины). Расписание богослужений публикуется на официальных интернет-ресурсах храма.