Домовой храм во имя святой блаженной Ксении Петербургской был учрежден при частной православной общеобразовательной школе Шостаковичей. Школа основана в 1998 году семьей Максима Дмитриевича Шостаковича, первоначально как начальная школа при храме святой великомученицы Екатерины. Впоследствии учебное заведение расширилось до уровня среднего общего образования и переехало в собственное здание в историческом центре Санкт-Петербурга на Васильевском острове.
Храм освящен в честь святой блаженной Ксении Петербургской, почитаемой в Русской Православной Церкви как подвижница благочестия XVIII века. Блаженная Ксения несла подвиг юродства в Санкт-Петербурге, помогая нуждающимся и предсказывая будущее. Ее мощи почивают в часовне на Смоленском кладбище города.
Архитектурные особенности домового храма соответствуют традициям православного церковного зодчества. Помещение храма расположено в здании школы, что характерно для домовых церквей учебных заведений. Богослужебная жизнь храма связана с учебным процессом и включает в себя молебны перед началом учебного года, панихиды по основателям школы и другим значимым для образовательного учреждения лицам.
Исторические источники свидетельствуют, что домовые храмы при учебных заведениях в Санкт-Петербурге стали появляться с XVIII века, следуя традициям духовного образования. Данный храм продолжает эту традицию в современных условиях, сочетая образовательную деятельность с духовным окормлением учащихся и преподавателей.
Церковь относится к Санкт-Петербургской епархии Русской Православной Церкви. Богослужения совершаются по установленному расписанию, соответствующему учебному процессу и церковному календарю. Храм поддерживает духовную связь с другими местами почитания святой блаженной Ксении Петербургской в городе, включая часовню на Смоленском кладбище.