Согласно архивным данным, храм был построен в 1747 году на территории Речи Посполитой. Предположительно, изначально он был униатским, а в 1847 году архиепископом Полоцким и Витебским Василием освящён как православный храм. Церковь имеет три престола: главный — во имя Святого Духа, правый — во имя святителя Николая Чудотворца, левый — во имя святых мучеников Бориса и Глеба. Старинный иконостас изготовлен киевскими мастерами, а слева от него находится местночтимая икона Божией Матери. На колокольне изначально было установлено семь колоколов, из которых до настоящего времени сохранились пять.
В 1864 году в погосте Плиссы значился главный престол во имя Святого Духа, с правой стороны — святителя Николая, с левой — святых Бориса и Глеба. В 1868 году стены внутри церкви были обшиты и покрашены, полы перестланы старанием церковного старосты Иосифа Андреева Зуева. В 1871 году, также его старанием, внутри церкви и алтарей стены и полы были покрашены, покрашено поле иконостаса, стены притвора побелены. В 1875 году колокольня, за ветхостью, была перекрыта гонтом и покрашена, а в 1876 году сделано восемь икон, покрашенных и положенных под новое стекло. В 1877 году церковный староста Евоимий Иаковлев на свой счёт покрыл листовым железом притвор и крышу церкви медянкой. В 1878 году, с его же участием, колокольня была соединена с церковью и покрыта железом. В 1879 году, старанием причта, церковного старосты и прихожан, окрашены крыша всего храма и колокольня. В 1884 году вокруг церкви была возведена деревянная ограда на каменном фундаменте с каменными столбами, покрытая железом и окрашенная медянкой. В 1885 году вся церковь снаружи была окрашена белилами, крыша — медянкой, а внутри полы — охрой. В 1886 году ограда была оштукатурена и побелена. В 1889 году церковь снаружи вновь окрашена белилами, крыша — медянкой, полы в алтарях и колеях — охрой, клиросы и решётки — белилами. В 1893 году крыша церкви окрашена медянкой. В 1897 году в церкви старые полы и потолки заменены новыми, устроены новые клиросы и алтарные престолы, переделаны крыльцо и двери, колокольня. В том же году, старанием прихожан, была устроена при церкви каменная часовня. В 1900 году на церковную сумму перекрашен медянкой купол храма.
В 1902 году в клировой ведомости храма отмечалось, что церковь деревянная, с такой же колокольней, стенами крепка. Внутри церкви стены были обшиты и покрашены, полы перестланы. Церковь имела три престола: главный — во имя Святого Духа, в приделах: с правой стороны — во имя святителя Николая Чудотворца, с левой стороны — во имя святых мучеников Бориса и Глеба. Утварью церковь была достаточна. Причта по штату положено: священник и один псаломщик, а также сверхштатная просфирня. Земли при церкви было 196 десятин и 2185 саженей, включая часть озера Плисса. Для священника был выстроен новый дом, а также амбар, ледник, ток, сарай и скотный двор. Для псаломщика имелись дом, сарай и хлев. Диакон имел собственные постройки: избу, скотный двор, амбар и сеновал с пристеном. Причт получал жалованье из Невельского казначейства, а также проценты из капитала, внесённого в банк по завещаниям благотворителей.