28 октября 1988 года Совет по делам религий при Совете Министров СССР утвердил создание общины.25 декабря того же года для устройства первого храма прихожанами был приобретен балок в 11 «А» микрорайоне, где начали проводиться богослужения, совершаемые священниками из Тобольска и Омска.
20 апреля 1990 года указом епископа Тобольского и Тюменского Антония настоятелем прихода был назначен иерей Николай Матвийчук, с приходом которого богослужения стали регулярными. 9 мая 1990 года впервые было проведено богослужение вне стен храма: отслужена панихида по погибшим воинам у городского памятника Воину-Освободителю.
19 июля 1990 года решением Исполнительного комитета Нефтеюганского городского Совета народных депутатов общине был выделен жилой дом по адресу: ул. Гагарина, дом 14. В этом здании был оборудован храм в честь великомученика и целителя Пантелеимона, который 19 декабря 1990 года был освящен епископом Тобольским и Тюменским Димитрием. 17 января 1991 года приход был зарегистрирован как Свято-Пантелеимоновская церковь в составе Тобольско-Тюменской епархии.
9 августа 1992 года епископ Димитрий освятил краеугольный камень-сваю под строительство нового кирпичного пятикупольного храма на 250 человек с колокольней по проекту санкт-петербургского архитектора С.А. Ковалева. В 1996 году началось строительство комплекса православной общины с однокупольным храмом-крестильней на 150 человек и классами для воскресной школы. В 1997 году строительство храма Святого Духа было завершено, и 19 октября 1997 года архиепископ Тобольский и Тюменский Димитрий освятил два престола: верхний храм в честь Святого Духа и нижний придел в честь святого великомученика и целителя Пантелеимона.
В последующие годы при храме были организованы различные образовательные и социальные инициативы. В сентябре 1993 года открыта воскресная школа, основной задачей которой является воцерковление детей в традициях Русской Православной Церкви. В 1996 году начала работу православная библиотека, в которой представлена духовно-нравственная, детская, историческая литература, аудио- и видеозаписи на православные темы. В 1997 году при приходе организовано православное братство, члены которого несут послушание при храме, участвуют в строительно-хозяйственных работах прихода. С января 1997 года на приходе осуществляет свою деятельность отдел социального служения, который проводит работу по оказанию благотворительной помощи и социальной поддержки социально незащищенным категориям населения.
В 1999 году по благословению архиепископа Тобольского и Тюменского Димитрия было открыто негосударственное общеобразовательное учреждение «Нефтеюганская православная гимназия», предоставляющее общее образование с выполнением требований федерального государственного общеобразовательного стандарта с включением дополнительного образования православного содержания. В 2003 году архиепископом Димитрием был освящен комплекс православной общины с храмом-крестильней в честь иконы Божией Матери «Почаевская».
В сентябре 2007 года, в канун празднования 40-летия города Нефтеюганска, был заложен краеугольный камень под строительство храма в честь Всех святых на месте первого Свято-Пантелеимоновского храма. 16 октября 2010 года состоялось открытие храма в честь Всех святых, и была отслужена первая Божественная литургия.
В сентябре 2017 года начаты работы по канонической росписи храма Святого Духа, завершенные в марте 2019 года. В 2021–2022 годах был произведен ремонт фасада храмового комплекса прихода храма Святого Духа, включающего храм Святого Духа, колокольню, храм иконы Божией Матери «Почаевская», комплекс православной общины, церковную лавку. В ноябре 2022 года и сентябре 2023 года установлены мозаичные иконы на храме Святого Духа: над центральным входом в храм — икона Святой Троицы, на алтарной части внешней стороны храма — «Воскресение Христово».
