Первое упоминание о деревянной церкви на этом месте относится к 1635 году. В период с 1711 по 1715 год на средства почётного гражданина А.И. Малюшина и московских купцов М.Я. Заботина и И.Я. Львова был построен каменный храм в стиле петровского барокко. Архитектурно храм представлял собой двусветный четверик с трёхчастной апсидой и небольшой трапезной. 16 мая 1715 года церковь была освящена преосвященным Иоанникием Ставропольским. При храме были устроены бесплатная столовая для бедных, богадельня и мастерские.
В 1722 году к трапезной с северной стороны был пристроен придел во имя преподобного Сергия Радонежского. В 1791 году архитектором К.М. Быковским была построена двухъярусная колокольня с ротондой на втором ярусе, обновлён иконостас, а фасады храма получили новый декор. В 1878 году к храму был пристроен придел в честь иконы Божией Матери «Всех скорбящих Радость». В 1894 году архитектор К.М. Быковский провёл реконструкцию левого Сергиевского придела, что изменило композиционное решение храма и усилило его градостроительное значение.
В начале XX века храм продолжал развиваться: в 1903 году была создана строительная комиссия во главе с настоятелем протоиереем, началась реконструкция храма. В 1906 году произошёл инцидент с бомбой, оставленной у стены храма, однако она не взорвалась, и ущерб был минимальным.
В 1927 году храм был закрыт советскими властями. В период с 1927 по 1950-е годы здание подверглось значительным изменениям: были разобраны верхние части колокольни, уничтожены купола, внутреннее убранство и иконостас. Внутри были устроены антресоли, пробиты стены апсид, фасады оштукатурены, а погост застроен. Храм использовался как гараж Московского округа ПВО.
В 1994 году богослужения были возобновлены, и началась реставрация храма. Были восстановлены внутренние помещения, установлен временный иконостас, отремонтирована кровля, восстановлены купола и фасады приделов. В дальнейшем планируется восстановление колокольни и других элементов архитектуры.
