Храм святителя Николая Чудотворца на улице Академика Лебедева был построен в 1911 году по проекту военного архитектора Э. К. Герле. Первоначальное назначение здания – часовня-покойницкая при Анатомическом институте Императорской Военно-медицинской академии. Архитектурное решение выполнено в стиле, характерном для культовых построек начала XX века.
После революции 1917 года здание было национализировано. В советский период оно использовалось для различных хозяйственных нужд, в том числе как помещение для гражданских панихид и сварочный цех. В 1980-х годах, в связи с заморозкой строительства многоэтажного дома рядом, часовня была заброшена.
В 2001 году здание было передано Русской Православной Церкви. Приказом Председателя КГИОП от 20.02.2001 оно включено в перечень вновь выявленных объектов культурного наследия. После проведения ремонтных работ и оборудования алтаря, в 2002 году в храме возобновились богослужения.
Храм имеет престольные праздники: 22 мая (перенесение мощей святителя Николая), 11 августа (рождество святителя Николая) и 19 декабря (день памяти святителя Николая). В алтаре храма находится частица мощей святителя Николая Чудотворца.
Приход ведет духовно-просветительскую деятельность, включая катехизаторские беседы, работу воскресной школы и организацию паломнических поездок. Храм расположен вблизи Финляндского вокзала и Военно-медицинской академии, сохраняя историческую связь с последней.