Посёлок Афанасьево, ранее известный как село Зюздино, упоминается с 1607 года как погост и центр Зюздинской волости. Село было названо в честь святителей Афанасия и Кирилла Александрийских, чьё имя было дано местной церкви. В 1966 году село было преобразовано в посёлок городского типа.
На протяжении своего существования, село Зюздино и позднее Афанасьево, обладали значительным приходом, включавшим 34 селения, населённых пермяками и русскими. Первая деревянная церковь во имя святителей Афанасия и Кирилла была построена в конце XVII века. В 1730 году была возведена вторая деревянная церковь, которая просуществовала до 1807 года. В 1872 году была построена третья деревянная церковь, также посвящённая святителям Афанасию и Кириллу.
В 1903 году был заложен фундамент нынешнего каменного храма в честь святителя Афанасия Александрийского. Однако строительство было приостановлено, и храм так и остался недостроенным.
До революции посёлок был небольшим торгово-купеческим центром с 30 домами, несколькими торговыми лавками, домом волостного старосты, больницей, двумя школами, ремесленным училищем, пекарней, кабаком, двумя церквями, одной часовней, двумя кирпичными сараями и библиотекой.
После установления Советской власти в марте 1919 года, отряд под командованием Н.Ф. Кузнецова и комиссара П.Е. Харина оборонял село от армии Колчака. В 1926 году в Афанасьево проживало 338 человек. В 1932 году была построена электростанция, в 1938 году — первая МТС, в 1939 году — типовой Дом культуры, а в 1942 году — маслозавод. После войны, в 1963 году, была создана межхозяйственная строительная организация, которая построила большинство зданий, существующих ныне, включая здание администрации района (1975 год), райбыткомбинат (1965), сеть магазинов, поликлинику, лечебные корпуса и детскую спортивную школу.