Храм священномученика Сильвестра Омского был основан в 1998 году после передачи здания бывшего детского комбината Омской и Тарской епархии по распоряжению главы администрации Омской области. Здание на момент передачи находилось в аварийном состоянии: отсутствовали системы отопления и водоснабжения, кровля требовала полной замены. Восстановительные работы проводились силами прихода в течение нескольких лет.
Историческое название храма связано с архиепископом Омским и Павлодарским Сильвестром (в миру Иустин Львович Ольшевский), занимавшим кафедру с 1915 по 1920 год. Архиепископ Сильвестр был видным церковным деятелем периода Гражданской войны, возглавлял Временное высшее церковное управление Сибири. В 2000 году он был канонизирован Русской православной церковью в лике священномучеников.
Архитектурный комплекс храма включает пять корпусов, из которых к настоящему времени полностью восстановлены два с половиной. На территории размещаются библиотека, трапезная, воскресная школа и семейная школа. Частично заменена кровля, проведена система отопления и установлены новые оконные конструкции.
Первое богослужение в восстанавливаемом здании состоялось в конце 1990-х годов. В 2014 году произошла смена настоятеля храма. С 2016 года в штате храма появился диакон, рукоположенный в сан иерея в 2017 году.
В архитектурном отношении здание представляет собой типовую постройку советского периода, адаптированную для церковных нужд. Внутреннее пространство было перепланировано для размещения алтаря, клироса и приходских помещений. Настенные росписи и иконостас выполнены в традициях православной храмовой живописи XX века.