Храм святого Пророка Илии на Пороховых основан в связи с учреждением Охтинского порохового завода в 1715 году. Первая деревянная часовня во имя святого Илии Пророка построена в 1717 году для духовных нужд мастеровых. В 1721 году часовня заменена деревянной церковью, освященной в 1722 году. В 1742–1743 годах возведена новая деревянная церковь на каменном фундаменте по проекту архитектора И. Я. Шумахера, освящена 18 июля 1743 года. В 1760 году к ней пристроен теплый придел во имя святителя Димитрия Ростовского.
Каменный храм построен в 1781–1785 годах. Архитектурный проект приписывается Н. А. Львову при возможном участии И. Е. Старова или Ю. М. Фельтена. Здание выполнено в стиле раннего русского классицизма в форме ротонды с колоннадой из шестнадцати ионических колонн. В 1805–1806 годах по проекту Ф. И. Демерцова к храму пристроен теплый придел во имя святого благоверного князя Александра Невского, объединенный с основным зданием в 1841 году. Колокольня сооружена в 1806 году, перестроена в конце XIX века.
В 1938 году храм закрыт, здание передано Местной противовоздушной обороне. В 1974 году произошел пожар. Реставрационные работы начаты в 1983 году. Храм возвращен верующим в 1988 году. Александро-Невский придел освящен 22 декабря 1988 года, главный престол — 2 августа 1989 года. В алтарной преграде главного придела установлены Царские врата из иконостаса Большой церкви Зимнего дворца (1762 год).
Храм является памятником архитектуры федерального значения. Приход ведет духовно-просветительскую деятельность, включает воскресную школу, библиотеку и молодежные объединения. На территории храмового комплекса сохранились исторические захоронения XVIII–XIX веков.