Решение о строительстве храма Рождества Пресвятой Богородицы в Рыбацком было принято в 2003 году. 20 сентября того же года состоялось освящение места под строительство. Церковь была заложена 28 июля 2005 года. Проект разработан в мастерской архитектора В. Н. Ловкачёва. За основу взят проект храма святой Марии Магдалины в Дармштадте (Германия), построенного по проекту Л. Н. Бенуа в 1897-1899 годах. Этот храм был подарком императора Николая II своей супруге Александре Фёдоровне, урождённой принцессе Алисе Гессен-Дармштадтской.
Строительство велось на протяжении нескольких лет. В 2016 году храм был сдан и начал функционировать. Архитектурное решение представляет собой интерпретацию русского стиля с элементами, характерными для церковного зодчества конца XIX века. Храм выполнен в традициях православной архитектуры с соблюдением канонических пропорций и планировочных решений.
В крипте (подземной части) храма располагается дополнительный престол. Территория вокруг церкви благоустроена, создана инфраструктура для прихожан. Храм входит в состав Санкт-Петербургской епархии Русской Православной Церкви и относится к Невскому благочинию.
Исторически местность Рыбацкое известна с XVIII века как рыбацкая слобода, снабжавшая Санкт-Петербург рыбой. Строительство храма в этом районе продолжило традицию православного храмостроительства в рабочих окраинах города. Архитектурный облик церкви гармонично вписывается в городской ландшафт этой части Невского района.