Храм великомученицы Екатерины в селе Шаблыкино Ишимского района Тюменской области был построен в период с 1898 по 1904 год на средства Фонда имени императора Александра III, созданного для духовного окормления переселенцев в Сибирь. Проект каменного храма разработан Тобольским строительным отделением на основе типовых чертежей, с адаптацией под местные условия. Первоначально планировалось возведение деревянной церкви, но из-за отсутствия строевого леса был выбран кирпичный вариант.
Строительство велось при участии местных жителей, выполнявших работы, не требующие специальных знаний. Для изготовления кирпича использовалась глина с Новиковского участка, признанная удовлетворительной после добавления песка. Архитектурное решение сочетает элементы псевдорусского стиля и псевдоготики: пятиглавое завершение, крестообразный план, килевидные обрамления проемов и щипцовые фронтоны. Храм освящен 20 декабря 1904 года.
При храме действовала церковно-приходская школа имени Иоанна Кронштадтского, построенная в 1900 году на его пожертвования. В 1913 году в школе обучалось 90 детей. В 1937 году храм был закрыт, последнее богослужение совершено на Пасху. Здание использовалось как зернохранилище, колокольня и крыльцо разобраны. Большинство икон прихожане сохранили, перенеся в дома.
В конце 1980-х годов началось восстановление храма силами местных жителей. Первое богослужение после возобновления совершено в 1989 году. В 1990 году приход получил официальную регистрацию. В 2007 году, после подписания Акта о каноническом общении между РПЦ МП и РПЦЗ, храм вошел в состав Тобольской епархии. Сохранились элементы первоначального убранства, включая клиросы и остов иконостаса.