16 марта 2001 года митрополит Крутицкий и Коломенский Ювеналий благословил строительство православного храма в посёлке Чкаловский (ныне микрорайон Щёлково-3) в честь святого царя-страстотерпца Николая II. Это решение было обусловлено отсутствием в посёлке собственного храма и стремлением местных жителей иметь место для совершения богослужений и духовного окормления.
17 июля 2001 года, в день памяти святого страстотерпца Николая II, была совершена первая Божественная литургия. Богослужение прошло в помещении на втором этаже магазина «Спутник», переоборудованном силами прихожан под молельную комнату. С этого момента в посёлке началась регулярная богослужебная жизнь.
Руководство гарнизона выделило под строительство храма земельный участок площадью 1 гектар. Строительство велось общими усилиями прихожан и при активном участии семей военных лётчиков. В августе 2002 года настоятелем прихода был назначен священник Александр Шкуренко. Под его руководством первоначальная часовня была преобразована в пятикупольный храм. В 2007 году на купола были установлены и освящены кресты, а в 2008 году подняты колокола, что завершило внешний облик храма.
В 2011 году настоятелем храма был назначен протоиерей Виктор Догадаев. Под его руководством была проведена значительная работа по подготовке храма и прилегающей территории к Великому освящению. Были обновлены кровля и стены, построен новый дубовый престол, оборудована крестильня и возведён иконостас.
5 июня 2016 года епископ Серпуховской Роман, викарий Московской епархии, совершил Великое освящение храма. На богослужении присутствовали представители духовенства и миряне, для которых это событие стало важной вехой в жизни прихода.
Архитектурно храм представляет собой деревянное здание с пятью куполами, выполненное в традициях русского церковного зодчества. Внутреннее убранство включает резной иконостас и росписи, соответствующие канонам православной церкви.
