Село Анискино, расположенное на реке Клязьме, в 1638 году находилось во владении думского дьяка Михаила Данилова. В 1671 году оно было приписано к землям Потешного дворца, а в 1687 году значилось в вотчине Алексея Васильевича Плещеева. Его сын, Фёдор Алексеевич Плещеев, в 1722 году построил деревянную церковь в честь Рождества Богородицы с приделом святого великомученика Димитрия Солунского. Однако из-за неудобного расположения этого храма и частых случаев краж церковной утвари, было решено построить новый каменный храм ближе к населённым пунктам прихода.
В 1738 году полковник Андрей Григорьевич Плещеев получил храмозданную грамоту на строительство каменной церкви Рождества Пресвятой Богородицы в селе Анискино. Строительство велось на средства Плещеева, и к 1742 году храм был завершён. В 1754 году был освящён первый придел во имя святителя Алексия, митрополита Московского. В 1808 году были пристроены трапезная часть и колокольня в стиле ампир, что придало комплексу его современный облик.
Архитектурно храм представляет собой типичное для московского барокко сооружение. Основной объём — двусветный четверик — перекрыт восьмигранным куполом на тромпах. Апсида и западный притвор имеют сомкнутые своды с распалубками. Над притвором возвышается высокая колокольня.
В советский период храм подвергся значительным изменениям. В 1938 году богослужения были прекращены, а здание использовалось для производственных целей, включая размещение цехов ткацкой фабрики и складов. С 1970-х годов церковь была заброшена и пришла в запустение. Местные жители разобрали часть строительных материалов, включая белый камень и ограду, для собственных нужд.
В 1989 году здание было передано верующим, и началась работа по восстановлению храма. 6 февраля 1990 года был совершен первый водосвятный молебен на месте бывшего алтаря, а 16 февраля 1990 года отслужена первая Божественная литургия в сторожке около развалин. На Благовещенье того же года богослужения возобновились и внутри храма. К 1998 году восстановительные работы были завершены, и церковь была освящена.
В настоящее время храм Рождества Пресвятой Богородицы является действующим. В его стенах хранятся иконы, привезённые из Иерусалима и с Афона, а также частицы мощей святых угодников. Продолжается строительство трапезной, воскресной школы и крестильни в честь иконы Божией Матери «Троеручица». В 2002 году храм был признан объектом культурного наследия регионального значения.
