Согласно преданию, первое христианское святилище на месте современного храма было основано в 1379 году святителем Стефаном Пермским, который начал свою миссионерскую деятельность среди финно-угорских племён в устье реки Вычегда. Однако документально подтверждённая история храма начинается с XVII века, когда на этом месте была построена деревянная церковь, имевшая два престола: во имя святителя Николая Чудотворца и святителя Стефана Пермского.
В 1777 году было принято решение о строительстве каменного храма. К 1785 году был завершён первый этаж (тёплый храм), а к 1788 году — второй этаж (холодный храм). В 1825 году началось строительство новой каменной церкви с колокольней на месте разобранной деревянной церкви Николая Чудотворца. Освящение новой церкви состоялось 8 декабря 1829 года во имя святителя Стефана Пермского. В 1830 году вокруг церкви была возведена деревянная ограда, заменённая на каменную в 1905 году.
Архитектурно храм представляет собой каменное двухэтажное здание трапезного типа с трёхпрестольной структурой. Основу композиции составляет квадратное в плане помещение, увенчанное куполом. К западному фасаду примыкает колокольня, завершённая шпилем. Фасады украшены пилястрами и декоративными элементами, характерными для архитектуры того времени.
С установлением советской власти начались гонения на церковь. В 1931 году начался отъём территорий у Свято-Стефановского храма, а к 1936 году он был полностью конфискован. Храм был закрыт, священнослужители репрессированы. В зданиях церкви разместились маслобойня, различные мастерские и склады. В 1947 году здание церкви под колокольней было передано приходу, однако основной храм был открыт для прихожан только в 1987 году. В 1971 году планировалось разрушение строения, но благодаря усилиям местных жителей храм был сохранён. В 1995 году начались восстановительные работы, финансируемые за счёт пожертвований прихожан.
