Станица Чепигинская была основана в 1883 году как хутор Величковский на дополнительных наделах станицы Нововеличковской. 7 сентября 1909 года населённый пункт получил статус станицы и был переименован в Чепигинскую в честь атамана Захария Алексеевича Чепеги, одного из руководителей Черноморского казачьего войска. В дореволюционный период в станице существовал храм, однако точные сведения о его названии и архитектурных особенностях отсутствуют. В советское время, как и во многих населённых пунктах, храм был закрыт, а здание утрачено.
В 2000 году, в условиях возрождения религиозной жизни в России, было принято решение о строительстве нового храма в станице Чепигинская. Инициатива исходила от местных жителей, стремившихся восстановить духовный центр в своём населённом пункте. Строительство велось на пожертвования прихожан и при поддержке местных властей. В том же году храм был построен и освящён в честь Троицы Живоначальной.
Архитектурно храм представляет собой одноэтажное здание, выполненное в традиционном русском стиле. Здание имеет прямоугольную форму с полукруглой апсидой. Крыша храма четырёхскатная, покрыта металлическими листами. На крыше установлен один купол с православным крестом. Фасады здания окрашены в светлые тона, окна арочные, с декоративными наличниками. Внутреннее убранство храма оформлено в соответствии с канонами Русской православной церкви: установлен иконостас, размещены иконы, проведено освещение и отопление, что позволяет проводить богослужения в течение всего года.
С момента открытия храм стал центром духовной жизни для жителей станицы Чепигинская и окрестных населённых пунктов. Здесь регулярно проводятся богослужения, таинства крещения, венчания и исповеди. При храме действует воскресная школа, где дети и взрослые могут изучать основы православной веры. Также организуются различные просветительские мероприятия и благотворительные акции.