Боровинская Спасская мужская пустынь была основана в 1653 году иеромонахом Иовом, пострижеником Сийского монастыря. На месте будущей обители находилась деревянная церковь во имя Спаса Нерукотворного образа с приделом Казанской иконы Божией Матери, построенная по обету местным крестьянином. Богослужения в ней совершались приглашаемыми священниками из Вельска или Верховажья.
В 1660 году на месте сгоревшей церкви была возведена новая деревянная церковь, также освященная во имя Спаса Нерукотворного образа. В 1676 году митрополит Новгородский Корнилий передал пустынь старице Дорофее для устроения женской обители, а монахов перевел в Верхошеренгскую пустынь. В 1682 году инокини и игуменья Дорофея самовольно покинули обитель. В 1685 году архиепископ Холмогорский и Важский Афанасий передал пустынь с имуществом крестьянам Низовской десятины, и церковь стала приходской.
В 1765 году прихожанами была построена деревянная двухэтажная Сретенская церковь. В 1814 году на средства мещанина Стефана Ждановского и прихожан возведена каменная двухэтажная Спасская церковь с колокольней. Верхний престол освятили во имя Спаса Нерукотворного образа, нижний - в честь Казанской иконы Божией Матери. В 1900 году произошло переосвящение престолов: нижний в каменной церкви - в честь Сретения Господня, а в деревянной - в честь Казанской иконы.
В 1908 году в деревне Климушино построена приписная деревянная церковь в честь Корсунской иконы Божией Матери. Перед революцией 1917 года в Спасской церкви служил священник Вячеслав Архипов, выпускник Вологодской духовной семинарии. В 1937 году он был репрессирован. В советский период храмы были закрыты. Деревянная церковь не сохранилась, каменная находилась в запустении до 2013 года, когда в ней была совершена первая после долгого перерыва Литургия.