История Свято-Серафимовского храма в Костроме начинается с 1 августа 1993 года, когда состоялось учредительное собрание общины. Инициаторами создания выступили слушатели воскресной школы для взрослых, действовавшей при Доме творчества в микрорайоне Паново. 8 августа 1993 года была официально зарегистрирована местная православная религиозная организация Свято-Серафимовского прихода.
В июле 1994 года общине передали ветхое деревянное здание бывшей гидрометеостанции, которое ранее служило земским начальным училищем, построенным в 1907 году при усадьбе помещиков Китицыных. В том же году состоялся визит Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II, который освятил закладной камень будущего храма. Ремонтные работы в переданном здании проводились по проекту архитектора И.Ш. Шевелева.
15 января 1995 года, в день памяти преподобного Серафима Саровского, архиепископ Костромской и Галичский Александр совершил первое богослужение в перестроенном здании. В течение последующих пяти лет здание приобрело вид деревянного храма с восьмигранным барабаном и колокольней.
3 августа 2003 года, в год 100-летия обретения мощей преподобного Серафима Саровского, началось строительство нового каменного пятиглавого храма по проекту архитектора Л.С. Васильева. В ночь с 22 на 23 августа 2008 года деревянный храм полностью сгорел в результате поджога. Богослужения продолжились в строящемся каменном храме.
Каменный храм был построен к 2009 году, внутренняя отделка завершена в 2014 году. 4 января 2015 года епископ Костромской и Галичский Ферапонт совершил чин освящения нового храма. В 2016 году был освящен приходской дом, а в 2018-2019 годах завершена роспись алтарной части и притвора.
С 1994 года приход осуществляет духовное окормление дома-интерната для инвалидов и престарелых, где в Покровском храме регулярно совершаются богослужения. При храме действует воскресная школа для детей и взрослых, издаётся приходская газета «Серафимовский вестник».