В 1894 году часть казаков из станицы Воровсколесской переселилась на новые земли, основав хутор Воровсколесский. В 1903 году хутор был преобразован в станицу Выселки. Почти сразу же после основания хутора был построен молитвенный дом, освящённый 13 апреля 1895 года во имя Пресвятой Богородицы.
В 1897 году в память коронации императора Николая II была построена новая деревянная церковь, освящённая 6 октября того же года. Однако 30 июля 1904 года храм сгорел во время ремонта. Уже в 1905 году на его месте был возведён новый деревянный храм, который в 1910 году был обложен кирпичом и к нему пристроена кирпичная колокольня.
В декабре 1934 года церковь была закрыта и переоборудована под клуб. В 1956 году здание было полностью разрушено. Во время оккупации района в 1942–1943 годах богослужения проводились в различных зданиях, включая пионерский клуб и помещения колхоза. В 1951 году был приобретён участок по ул. Лунева, 122, где разместился молитвенный дом. Постепенно территория прихода расширялась за счёт выкупа прилегающих домовладений.
26 октября 1989 года началось строительство нового храма на месте молитвенного дома. 29 марта 1998 года новый храм был освящён. С осени 1999 года производилась роспись купольной части храма, завершённая к Пасхе 2000 года. В 2010 году обновлён фасад здания и установлены новые золотые купола. В 2013 году проведена реконструкция порогов храма и прилегающей территории, установлена водосвятная ротонда и икона Божией Матери «Покрова» на северном фасаде.
