Сооружение храма было завершено в 1781 году при финансовой поддержке местного помещика Варенцова. Первоначально здание представляло собой кирпичный пятиглавый четверик с декоративными элементами, характерными для традиционного зодчества того периода. К храму примыкала обширная трапезная и отдельно стоящая колокольня. В трапезной были устроены два придела: северный — во имя святителя Николая Чудотворца и южный — в честь великомученицы Екатерины.
В конце XIX — начале XX века село Туношна входило в состав Бурмакинской волости Ярославского уезда Ярославской губернии. В 1883 году в селе насчитывалось 82 двора.
В 1939 году, в период антирелигиозной политики советского государства, храм был закрыт. Колокольня и главы были демонтированы, а здание использовалось для хозяйственных нужд.
В 1997 году храм был возвращен Русской Православной Церкви. С этого времени начались восстановительные работы, в ходе которых были отремонтированы зимние храмы, а летний храм находился в процессе восстановления. Также проводились работы по восстановлению ограды вокруг храма. В храме находятся чтимые иконы с частицами мощей, включая иконы Симеона Верхотурского, митрополита Агафангела и святителя Луки Войно-Ясенецкого, а также икона Спиридона Тримифунтского с частицей покрова от мощей.
В настоящее время храм Рождества Пресвятой Богородицы в селе Туношна является действующим приходом, где регулярно проводятся богослужения, направленные на духовное окормление местных жителей. Кроме того, на месте крушения самолета 7 сентября 2011 года совершаются панихиды.
