Село Субботово, одно из древнейших в Брянском крае, впервые упоминается в конце XV века.В XVII веке оно значилось как деревня в составе Подгородного стана Брянского уезда и входило в приход села Лопушь.
15 марта 1728 года владелец деревни Василий Иванович Дуров подал в Синодальный казенный приказ прошение о строительстве церкви, обосновывая его удаленностью Субботова от Лопуши и других сел. В результате в 1735 году была построена деревянная церковь во имя Рождества Пресвятой Богородицы.
К началу XIX века деревянная церковь обветшала. В 1818 году на средства местного помещика поручика Ефима Вепрейского было начато строительство нового каменного храма, завершенное в 1819 году. Новый храм был возведен в стиле ампир и заменил старую деревянную церковь.
В 1867 году на средства священника Ахтырского к церкви была пристроена деревянная колокольня, покрытая железом. Среди храмовых икон особенно почиталась икона Святителя и Чудотворца Николая, чествование которой началось в 1862 году в память об освобождении крестьян от крепостной зависимости. С 1892 года в селе функционировала церковно-приходская школа.
В советский период храм был закрыт в конце 1920-х — начале 1930-х годов. Во время Великой Отечественной войны, в период оккупации, богослужения в церкви были возобновлены, однако в 1948 году здание вновь использовалось местным колхозом под склад.
В 1979 году здание Рождественской церкви было поставлено на государственную охрану и признано памятником архитектуры местного значения. В 1990-х годах предпринимались попытки консервации строения, начаты ремонтно-восстановительные работы, которые из-за недостатка сил и средств до сих пор находятся в начальной стадии. Здание представляет собой кирпичное, ранее оштукатуренное сооружение, состоящее из основного объема с портиками по сторонам и примыкающих к нему трапезной и алтаря одинакового размера. В интерьере сохранились фрагменты масляной живописи второй половины XIX века — фигуры святых по сторонам боковых дверных проемов и евангелисты в круглых медальонах на южной и северной стенах.