Согласно архивным данным, первое упоминание о приходе церкви Рождества Пресвятой Богородицы в селе Сетолово датируется 1654 годом. В этот период в центре села была построена деревянная церковь, которая просуществовала до середины XIX века. В связи с ветхостью здания и увеличением числа прихожан было принято решение о строительстве нового храма.
В 1816 году на месте обветшавшей старой церкви было возведено новое здание с тем же посвящением. При церкви действовала двухклассная церковно-приходская школа, где детей обучал местный дьяк. В 1886 году была открыта трехклассная школа, размещавшаяся в каменном двухкомнатном помещении. В одной комнате располагались классы, а во второй проживал учитель.
В 1939 году, в период антирелигиозной политики советского государства, церковь была разрушена до основания. На протяжении более семи десятилетий в селе отсутствовал православный храм.
В 2013 году, по инициативе местных жителей и при поддержке уроженца деревни Азарово, генерального директора ООО «Газпром Трансгаз Москва» Вячеслава Александровича Михаленко, было принято решение о строительстве нового храма. 26 апреля 2013 года епископ Брянский и Севский Александр совершил чин освящения закладного камня в основание строящегося храма. Строительство велось на новом месте, выбранном на основании геодезической экспертизы и решения собрания жителей Сетоловского сельского поселения.
21 сентября 2014 года, в праздник Рождества Пресвятой Богородицы, епископ Клинцовский и Трубчевский Сергий совершил освящение престола и Божественную литургию в новом храме. Современное здание церкви выполнено в традиционном русском стиле, с учетом канонов православного храмового зодчества.
