В начале XVII века, после событий 1610 года, когда при обороне Почепа от польско-литовских захватчиков погибло около четырёх тысяч жителей, на месте их захоронения была возведена деревянная церковь, получившая название Костной. Этот храм стал местом памяти и духовного утешения для выживших горожан.
В период с 1810 по 1823 годы, на средства священника Симеона Тимкова и прихожан, на месте обветшавшего деревянного храма было построено новое каменное здание церкви. В 1861 году, благодаря пожертвованиям купца С. Неменки, к храму была пристроена колокольня, что значительно обогатило его архитектурный облик. Позднее были добавлены северное крыльцо и лестница перед южным входом, завершившие формирование внешнего вида церкви.
Архитектурно здание представляет собой образец позднего классицизма. Основной объём храма выполнен в форме четверика с округлёнными углами, к которому с трёх сторон примыкают прямоугольные пристройки. С восточной стороны расположены три полукруглые апсиды, соответствующие основному объёму и боковым рукавам. Западный рукав служит трапезной и соединён с двухъярусной четырёхгранной колокольней. Над основным объёмом возвышается барабан со сферическим куполом, придающим зданию величественный вид.
В подклетном этаже храма обустроена тёплая церковь, посвящённая святой великомученице Варваре. Северный придел освящён в честь Казанской иконы Божией Матери, а южный — в честь Покрова Пресвятой Богородицы, что подчёркивает многообразие духовных традиций прихода.
В советский период храм продолжал функционировать, несмотря на сложные условия для религиозных организаций. В 1955–1957 годах здание было отреставрировано усилиями 80-летнего мастера Лысенко из села Котляково, что способствовало сохранению его исторического и архитектурного наследия.
