Первые упоминания о храме в честь Рождества Пресвятой Богородицы в селе Клин относятся к 1628-1630 годам. По писцовым книгам этого периода в селе, расположенном на реке Оке, находились две деревянные церкви: холодная в честь Рождества Пресвятой Богородицы и теплая во имя Николая Чудотворца. Обе церкви были построены местными помещиками, включая окольничего князя Григория Волконского и братьев Лупандиных. При храмах состояли два священника, пономарь и просвирня.
В окладных книгах Рязанской епархии за 1676 год церковь Рождества Пресвятой Богородицы упоминается снова. В приходе числилось 5 помещичьих дворов, 63 крестьянских и один бобыльский. К 1896 году количество дворов увеличилось до 134. В состав прихода также входили приселок Курмыш и деревни Онферова и Фофанова.
Точная дата постройки каменного храма неизвестна из-за отсутствия сохранившихся архивных данных. Имеется грамота от 1812 года, выданная епископом Владимирским Ксенофонтом на освящение Богородицы-Рождественской церкви, но неясно, была ли церковь построена заново или капитально перестроена. Согласно местному преданию, в этот период проводилась внутренняя переделка храма и возведение новой каменной колокольни. Антиминс в Иоанно-Богословском приделе, являющемся позднейшей пристройкой, был освящен в 1800 году, что позволяет предположить строительство каменного храма в XVIII веке.
В 1815 году в церкви был устроен придел в честь Божией Матери Всех Скорбящих Радости. В 1864 году из-за обнаруженных трещин стены храма были укреплены и обиты железом. Главный престол храма освящен в честь Рождества Пресвятой Богородицы, дополнительные приделы - в честь Евангелиста Иоанна Богослова и Богоматери Всех Скорбящих Радости.
В конце 1930-х годов храм был закрыт. В начале XXI века начались работы по его восстановлению силами благотворителей. Церковь сохранила ряд исторических предметов, включая напрестольное Евангелие 1681 года, обложенное бархатом с серебряными позолоченными досками.