В XVIII веке сельцо Канаевка являлось вотчиной Саввино-Сторожевского мужского монастыря. В 1727 году вышел указ о строительстве в Канаевке церкви в монастырской вотчине. Первый храм в селе был построен до событий Кубанского погрома. В 1805 году в селе Рождественское (ныне Канаевка) был возведен каменный двухпрестольный храм с главным престолом, освященным в честь Рождества Пресвятой Богородицы, и придельным престолом во имя преподобного Саввы Сторожевского и Звенигородского. Освящение храма состоялось в 1812 году.
Архитектура церкви, испытала влияние классицизма и характеризуется сдержанностью. Высокий четверик храма, отмеченный по бокам пилястровыми портиками с треугольными фронтонами, несет на себе равный ему по ширине восьмерик. Квадратная в плане трапезная, вероятно, первоначально была значительно уже; известно, что в 1845 году была сломана ограда по причине перестройки придельной церкви. Невысокая трехъярусная столпообразная колокольня, отстоящая на небольшом расстоянии от трапезной, декорирована карнизами, украшенными сухариками, аналогично карнизам апсиды, четверика храма и портика. Проемы в колокольне имеют арочное завершение, тогда как у остальной части церкви (за исключением восьмерика храма) — прямоугольные.
В 1850 году купол храма сгорел, и пострадал иконостас. В 1920-х годах в церкви служил священник Гавриил Архангельский, причисленный в 2000 году к лику новомучеников Российских. После революции храм был закрыт. В 1930–1950-е годы в здании храма располагалась Канаевская средняя школа.