Село Новомихайловское было основано в 1867 году переселенцами из Воронежской, Полтавской и Екатеринославской губерний. Первые религиозные сооружения в селе были деревянными: в 1871 году был построен молитвенный дом, а в 1878 году — деревянная церковь из кавказского елового леса, освящённая 17 сентября того же года.
В период с 1904 по 1910 годы в селе велось строительство нового каменного храма во имя Рождества Пресвятой Богородицы. Подрядчиком строительства выступил Прокофий Николенко из посёлка Прогресс Новокубанского района. На его пожертвования были приобретены колокола весом 90 и 160 пудов, а также иконостас стоимостью 20 тысяч рублей. Мать Николенко пожертвовала облачения на престол, жертвенник, аналой и рушники на иконы. Согласно преданию, на освящении храма присутствовал император Николай II во время поездки по Кавказу.
Архитектурный облик храма соответствует стилю "псевдорусской" кирпичной архитектуры, характерной для начала XX века. Здание украшали пять куполов с коваными крестами, в которые были встроены зеркала, создававшие светоотражающий эффект.
В период с 1933 по 1937 годы храм был закрыт, а в 1938 году здание было передано колхозу "Боец труда". В последующие годы в здании размещались подсобные помещения, мастерские и зернохранилище.
В 1990 году здание храма было возвращено обществу православных верующих. В настоящее время храм находится в неудовлетворительном состоянии, и планируются противоаварийные работы с сохранением уникальных архитектурных особенностей памятника.
