В первой половине XIX века в станице был возведён деревянный храм, посвящённый Рождеству Пресвятой Богородицы. Деревянные церкви в то время были распространены на Кубани, учитывая доступность строительных материалов и скорость возведения. Архитектурно храм, вероятно, соответствовал традиционным канонам православного зодчества того периода, с характерными элементами, присущими деревянным храмам Кубани.
К концу XIX века, в связи с увеличением численности населения и ветхостью деревянного строения, было принято решение о строительстве нового каменного храма на месте старого. Строительство осуществлялось на средства прихожан и местных благотворителей. Новый храм был выполнен в русском стиле, с традиционной трёхчастной композицией, включающей алтарь, основное здание и колокольню. Фасады украшены элементами кирпичного декора, характерными для храмовой архитектуры того времени.
В советский период, особенно в 1930-е годы, многие религиозные учреждения подверглись закрытию и разрушению. Храм Рождества Пресвятой Богородицы в станице Хопёрской не стал исключением. Здание храма было закрыто, а впоследствии использовалось для различных хозяйственных нужд. В этот период многие элементы внутреннего убранства и церковной утвари были утрачены.
С началом перестройки и изменением государственной политики в отношении религии в конце 1980-х — начале 1990-х годов начался процесс возвращения храмов Русской Православной Церкви. Здание храма в станице Хопёрской было возвращено верующим, после чего начались восстановительные работы. Силами прихожан и местных жителей были проведены реставрационные работы, направленные на восстановление первоначального облика храма и его внутреннего убранства.