История храма начинается с 1915 года, когда на территории Сокольнического отделения Московского городского Работного дома было принято решение о строительстве церкви. Проект храма был разработан архитектором Н. Л. Шевяковым. Средства на строительство в размере 100 000 рублей были пожертвованы Ольгой Антоновной Титовой, вдовой фабриканта-суконщика Ивана Сергеевича Титова. Условием жертвователя было посвящение главного престола Иоанну Предтече, а нижнего придела — апостолу Матфию, в память об умершем сыне.
Храм был заложен в 1915 году. Освящение главного престола в честь Рождества Иоанна Крестителя состоялось 15 января 1917 года. Нижний придел апостола Матфия был освящен 10 июня 1917 года. Архитектурное решение храма сочетает элементы псково-новгородского и византийского стилей. Фасады украшены орнаментами, перспективным порталом и аркатурно-колончатыми поясами барабанов. Дубовый иконостас был выполнен резчиком Петром Алексеевичем Сизовым, а иконы написаны художником-иконописцем Сафоновым. Храм вмещал до 800 человек, включая 200 на хорах.
В 1919 году приходской совет заключил соглашение с милицией на право пользования зданием в богослужебных целях. Однако в 1923 году храм был закрыт. Из него были вывезены богослужебные сосуды и другие предметы из драгоценных металлов. Иконостасы и хоругви передали в церковь Введения во храм Пресвятой Богородицы. Храм был обезглавлен, уничтожена фреска над входом, сняты колокола.
С 1950-х годов на территории Работного дома и детского приюта им. доктора Ф. П. Гааза находился электромеханический завод (МЭЗ № 1). В помещениях храма был размещен термогальванический цех. Здание находилось в аварийном состоянии: отсутствовала кровля, в сводах были пробоины, с трёх сторон сделаны пристройки. Со стороны алтаря в храм встроена котельная. От просадки фундамента в стенах появились опасные трещины.
Постановлением правительства Москвы № 545 от 7 июля 1998 года территория храма была отнесена к охранной зоне культурного и социального наследия. Со 2 октября 1998 года храм и относящиеся к нему здания были переданы Русской Православной Церкви и получили статус Патриаршего подворья. В конце 1990-х годов МЭЗ № 1 обанкротился, и 14 июня 2000 года его имущество было распродано с аукциона. Храм долгие годы находился за оградой, в центре территории, принадлежащей предприятию. Весной 2009 года храм, прилегающая территория и два здания Работного дома были отделены временной металлической оградой от территории предприятия. Была снесена заводская котельная, пристроенная к восточной и южной частям храма, и храм снова стал обретать свои исторические очертания.
