Строительство началось в 1829 году и завершилось в 1837 году освящением нового храма во имя Иоанна Богослова. В 1848 году рядом с церковью была построена каменная колокольня, ставшая важной архитектурной доминантой села. В 1858 году, благодаря стараниям коллежского советника Ивана Ивановича Элпидинского, в храме были устроены два теплых придела: во имя священномученика Власия и в честь иконы Божией Матери «Всех скорбящих Радость».
В 1859 году церковь и колокольня были обнесены каменной оградой. При храме хранилось старинное Евангелие, изданное в 1640 году. Церковные документы, включая копии метрических книг с 1803 года и исповедных росписей с 1829 года, сохранялись в целости. В 1885 году была составлена опись церковного имущества. Кроме того, церкви принадлежал каменный одноэтажный дом, в котором с 1878 года размещалось земское народное училище с квартирой для учителя.
Архитектурно храм представляет собой образец церковного зодчества XIX века. Здание выполнено из кирпича и оштукатурено. Фасады украшены декоративными элементами, характерными для того периода. Колокольня, построенная в 1848 году, гармонично дополняет общий архитектурный ансамбль. В XIX веке была сделана западная пристройка к трапезной, охватившая своим объемом нижний четверик колокольни; при этом проемы между его пилонами были расширены, а часть западной стены трапезной разобрана.
В советский период храм, как и многие религиозные сооружения, подвергся закрытию и использовался не по назначению. В результате этого внутреннее убранство храма было утрачено, однако само здание сохранилось.
В постсоветский период начался процесс возвращения храма Русской Православной Церкви и его постепенное восстановление. Были проведены работы по реставрации фасадов и интерьеров, восстановлены купола и кресты, а также частично воссоздано внутреннее убранство. В настоящее время храм Иоанна Богослова в селе Панеево является действующим и регулярно принимает прихожан на богослужения.