Основание храма относится к 1685 году, когда на высоком берегу Москвы-реки при впадении в неё речки Пресни была построена деревянная церковь во имя Рождества святого Иоанна Предтечи. Это место в 1681 году было приписано к патриаршим владениям, Новинскому монастырю. К 1693 году в приходе насчитывалось 196 дворов, а к 1702 году их число возросло до 240.
Со временем деревянный храм обветшал, и в 1714 году прихожане обратились с прошением о строительстве каменной церкви. Однако указ Петра I, запрещающий каменное строительство вне Санкт-Петербурга, приостановил работы. После отмены запрета в 1728 году строительство возобновилось, и к 1734 году был завершён каменный храм. 7 декабря 1731 года был освящён придел во имя Иоанна Воина.
В 1804 году деревянная колокольня храма сгорела, что побудило духовенство и прихожан приступить к строительству новой каменной трёхъярусной колокольни высотой более 25 метров. Работы велись под руководством церковного старосты, купца Фёдора Резанова, с 1806 по 1810 год. Нижний ярус колокольни представлял собой торжественный вход в храм с использованием палладианского мотива сдвоенной арки, вписанной в рустованные пилоны. В то время во всей пресненской округе не было подобных колоколен, за исключением четырёхъярусной колокольни церкви Покрова Богородицы в Кудрине.
В 1828 году по проекту архитектора Фёдора Михайловича Шестакова была построена трапезная, что расширило пространство храма и улучшило условия для прихожан. В январе 1843 года был освящён южный придел во имя Софии Премудрости Божией, устроенный на средства доктора медицины Матвея Яковлевича Мудрова.
В мае 1889 года священник Феодор Ремов и староста Георгий Стефанов Митюшин обратились в городскую управу за разрешением на строительство нового каменного двухэтажного дома причта и одноэтажного каменного сарая. После завершения строительства дома причта в 1892 году была открыта церковно-приходская школа на верхнем этаже и богадельня на нижнем. В январе 1894 года началось расширение трапезной части церкви по проекту архитектора Павла Кудрина, что было связано с увеличением числа прихожан и необходимостью создания дополнительных помещений для хранения церковного имущества.
В советский период храм продолжал функционировать и не был закрыт, что являлось редкостью для того времени. В марте 1922 года из храма были изъяты церковные ценности, включая серебро, золото, бриллианты и другие драгоценности. В 1930 году церковь была лишена звона, а колокола были сброшены, что привело к повреждению ступеней крыльца. В послевоенные годы с оживлением церковной жизни появилась возможность заняться ремонтом храма. В 1960-е годы была восстановлена живопись, позолота Царских врат, обновлены паникадила, заменены латунные решётки на мраморные балюстрады, а также проведено центральное отопление.
С окончанием советского периода открылись реальные возможности для разносторонней деятельности прихода. В 1990-е годы были выполнены значительные ремонтные работы: крыша храма покрыта листовой медью с заменой и переборкой стропил и подрешётника, позолочен крест с колокольни, возобновлён колокольный звон, установлены новые колокола. При входе в храм в боковых нишах установлены иконы святого Иоанна Крестителя и святого Николая, восстановлены иконы на жести над окнами трапезной с юга и севера и на южных въездных воротах. Двор вымощен брусчаткой. Внутри храма была произведена промывка всех стен и сводов, добавлены иконы новопрославленных святых. В помещении крестильни выстроена мраморная купель в форме креста для крещения взрослых с полным погружением.
При храме более 15 лет действует воскресная школа. С 1995 года приход духовно окормляет пациентов городской клинической больницы № 19.
