Первое упоминание о православном приходе в селе Кочковском относится к 1863 году. В справочной книге Томской епархии за 1898-1899 годы указывается, что в 1899 году в селе была построена новая церковь, где числилось 8271 прихожан. Деревянная однопрестольная церковь была возведена взамен прежней, ставшей тесной для разросшегося прихода. Храм строился на каменном фундаменте с колокольней, имел семь глав с крестами, длину 40 метров, ширину 14 метров и высоту 30 метров.
В 1920-х годах приход оставался значительным - в 1926 году в списках религиозной общины числилось 3598 человек без учёта детей до 18 лет. Храм обладал трёхъярусным иконостасом с 22 колоннами, 24 большими иконами на стенах, 9 серебряными подсвечниками и богатой ризницей. В 1933 году был запрещён колокольный звон, в 1935 году сняты колокола, а 25 октября 1935 года здание храма передано под клуб. Последний священник храма был арестован и расстрелян в 1930-х годах.
Православная община в селе Кочки была возрождена в 1992 году. Первоначально богослужения проводились в переоборудованных помещениях бывшей музыкальной школы и старого Госбанка. В 2004 году на пожертвования местных жителей при участии районной администрации построена новая кирпичная одноглавая церковь. Храм представляет собой четверик со скошенными углами, с полукруглой апсидой и трапезной, увенчанный трёхъярусной колокольней. Освящение состоялось 2 января 2005 года.
При храме действует воскресная школа. В дореволюционный период при церкви существовала церковно-приходская школа, открытая в 1888 году по резолюции епископа Томского и Семипалатинского Макария. В 1893 году для школы было построено отдельное здание на средства местного общества с пособием от Епархиального училищного совета. По сведениям 1904 года, в церковно-приходской школе обучалось 37 мальчиков и 3 девочки, в школе грамоты при церковной сторожке - 38 мальчиков и 12 девочек.