Село Слобода-Бешкиль было основано в 1668 году. В 1850 году в селе была построена каменная церковь в честь Рождества Христова с престолами во имя святителя Николая и в честь Воздвижения Креста Господня. Архитектурный стиль храма относится к классицизму.
В 1911 году епархиальное начальство разрешило строительство каменной ограды вокруг церкви и строительство сторожки. Перед началом Первой мировой войны здесь несли службу священник и два псаломщика. В 1915 году епископ Тобольский Варнава отмечал, что здание требует ремонта. Но уже в 1916 году архипастырь заявил, что храм «достаточно благолепен и содержится в должной опрятности». Возможно, в храме за год проделали необходимую работу.
В шестидесятых годах XX века храм был закрыт. В нем располагался колхозный склад минеральных удобрений.
В 1999 году храм возвращен верующим. Тогда же была образована община православных христиан, и начались восстановительные работы. Была восстановлена колокольня, центральный купол, отлиты колокола. Средства собирались по крупицам, не обошлось без помощи меценатов и людей, неравнодушных к православной вере. 25 сентября 1999 года престол храма освящен священническим чином. В 2008 году для служения в храме был направлен иерей Вадим Баранов. По соседству со старинным храмом располагается средняя общеобразовательная школа. У школы и храма сложились добрые отношения. На протяжении многих лет с учащимися школы начальных и средних классов по желанию родителей проводятся занятия, которые прививают сердцам учащихся добрые качества. На праздники Пасхи и Рождества Христова дети посещают Дом для инвалидов и престарелых, а также детский дом в поселке Кировский с выступлениями.
В сентябре 2013 года храм утвержден как объект культурного наследия федерального значения.
