История храма Положения Ризы Пресвятой Богородицы в Крестах (Крестобогородского) началась в 1655 году, когда ростовский митрополит Иона Сысоевич установил на Поклонной горе у въезда в Ярославль трехметровый крест в память об избавлении города от моровой язвы 1654 года. Место для установки креста было выбрано не случайно: Поклонная гора являлась высшей географической точкой при въезде в город и имела стратегическое значение.
Первоначально крест находился в деревянной часовне, рядом с которой поселились несколько семей из окрестных деревень. В 1677 году крестьянами Спасского монастыря была построена деревянная церковь Положения Ризы Богоматери. Земли принадлежали Спасскому монастырю, который обеспечил новый храм богослужебными книгами, иконами и утварью. Среди принесенных икон были образы Смоленской Богоматери, Положения Ризы Богоматери и Николая Чудотворца, сохранившиеся в храме до настоящего времени.
В 1760 году на средства владельца Ярославской Малой мануфактуры Дмитрия Затрапезнова была возведена каменная церковь. Главный престол летнего храма освятили в честь Положения Ризы Богоматери, зимний придел первоначально посвятили Николаю Чудотворцу, а позднее переосвятили во имя Филиппа, митрополита Московского. Освящение храма совершил 3 декабря митрополит Ростовский и Ярославский Арсений (Мацеевич).
В 1811 году вместо часовни у северного фасада здания построили теплую церковь Животворящего Креста Господня. В 1817 году ярославские резчики Гаврила Столарев с сыном Кузьмой изготовили для нового храма иконостас, престол и жертвенник. Росписи главного храма и приделов выполнены после 1825 года под наблюдением местного священника Андрея Смирнова.
Главной святыней храма остается живописный крест митрополита Ионы с изображениями предстоящих: Богоматери, Марии Магдалины, Иоанна Богослова и Лонгина Сотника. На кресте имеется надпись, содержащая молитвенное прошение о защите города от бедствий. В нижнюю часть креста, восстановленную в ходе реставрационных работ 1989-1994 годов, вставлены ковчежцы с частицами мощей святых.
В советский период храм не закрывался и продолжал совершать богослужения. В конце XX - начале XXI века проведены реставрационные работы, включая обновление росписей, устройство новых полов и отопления, строительство паперти. В 2008 году на колокольню подняли 200-пудовый колокол.
