В 1902 году правление Товарищества Ярославской Большой Мануфактуры приняло решение о строительстве новой церкви. Проект был заказан московскому архитектору Александру Васильевичу Иванову. Закладка храма состоялась 27 июля 1904 года; первый камень в фундамент будущего здания заложил и освятил архиепископ Ярославский и Ростовский Сергий. Строительство продолжалось четыре года и завершилось в 1908 году, совпав с 50-летием основания Товарищества. Торжественное освящение храма состоялось 5 октября 1908 года; главный престол был освящён во имя Иоанна Постника, а придельные — во имя Андрея Критского и Архангела Гавриила. Эти посвящения соответствовали именам учредителей Товарищества: Ивана Андреевича Карзинкина, Андрея Александровича Карзинкина и Гавриила Матвеевича Игумнова.
Архитектурно храм представляет собой сочетание византийского стиля и модерна, что является уникальным для Ярославля. Здание включает в себя трапезную часть, над входом возвышается шатровая колокольня высотой 43 метра, над основным объёмом расположена большая глава на массивном барабане, а над приделами — две главы меньших размеров. Фасады украшены цветной керамикой, а на внешней стене средней алтарной апсиды размещена мозаика с изображением Николая Чудотворца.
В 1923 году храм был закрыт, и здание использовалось для различных нужд: сначала как кинозал и рабочая столовая, с 1951 года — как Городской дом физкультуры, а с 2001 года — как детская спортивная школа олимпийского резерва. В 2010 году здание было возвращено Русской Православной Церкви. Первое богослужение после возвращения состоялось 30 октября 2010 года, в день памяти преподобного Андрея Критского.
В последующие годы были проведены реставрационные работы под руководством архитектора Светланы Николаевны Столяровой. В 2013—2015 годах артелью ярославских художников под руководством Евгения Алексеевича Чижова выполнены работы по раскрытию и реставрации храмовой росписи. 5 августа 2015 года, после завершения реставрации, храм был освящён митрополитом Ярославским и Ростовским Пантелеимоном.
