Он является действующим православным храмом Тобольской и Тюменской епархии Русской Православной Церкви.
История храма тесно связана с основанием Рафаиловского Троицкого монастыря, учреждённого в 1645 году старцем Рафаилом. По преданию, во время путешествия по реке Исеть старец Рафаил остановился в месте впадения в неё речки Ялынки. Здесь ему явилась Божия Матерь и повелела основать обитель в честь Святой Живоначальной Троицы. Монастырь получил широкую известность и просуществовал до 1840 года, когда был упразднён из-за недостаточного числа братии, а его комплекс стал сельским приходом.
В 1744 году купец Василий Поздняков построил каменное здание, предназначенное для обучения детей грамоте, и передал его в распоряжение монастыря. Это здание стало единственным сохранившимся элементом монастырского комплекса. В 1769 году в монастыре был возведён храм с четырьмя престолами: во имя Святой Троицы, в честь Усекновения главы Иоанна Крестителя, Казанской иконы Божией Матери и Покрова Пресвятой Богородицы.
Игумен Андрей, впоследствии канонизированный как преподобный Андрей Рафаиловский, управлял монастырём до 1804 года. Он активно занимался строительством и перестройкой зданий обители, наставлял братию и способствовал возвращению старообрядцев в лоно православной церкви. После упразднения монастыря игумен Андрей был переведён в Иоанно-Введенский монастырь, а затем в Симонов монастырь в Москве, где и скончался в 1820 году.
В советский период монастырь подвергся разрушению. В 1939 году была снесена колокольня, а монастырский храм взрывали дважды, после чего от него остался лишь фундамент. Из церковного кирпича было построено здание райкома партии в селе Исетском. К 1950 году было объявлено о полном исчезновении обители.
В 2007 году на месте, где старцу Рафаилу явилась Божия Матерь, был установлен поклонный крест. 22 мая 2010 года была создана православная религиозная группа, взявшаяся за восстановление единственного уцелевшего здания монастыря. Здесь сначала был организован молельный дом, а затем проведён капитальный ремонт с установкой куполов и строительством колокольни. Здание было освящено в честь преподобного Андрея Рафаиловского.
