Первое упоминание о деревянной церкви на этом месте датируется 1625 годом. Согласно одной из версий, храм был освящён в честь преподобного Симеона Столпника ко дню венчания на царство Бориса Годунова, поскольку этот день совпадал с празднованием памяти святого.
В период с 1676 по 1679 годы, по указу царя Фёдора Алексеевича, на месте деревянной церкви была возведена каменная, выполненная в стиле русского узорочья. Новый храм имел пять декоративных глав, трапезную, колокольню и два придела, каждый с отдельной апсидой и главкой. Главный престол был освящён в честь Введения во храм Пресвятой Богородицы, а приделы — во имя Симеона Столпника и Николая Чудотворца. В 1759 году придел Николая Чудотворца был переосвящён во имя святителя Димитрия Ростовского.
В 1812 году, во время Отечественной войны, храм подвергся разграблению и серьёзно пострадал в результате пожара. Благодаря усилиям прихожан, к 1818 году церковь и прилегающие строения были восстановлены. В этот период храм стал популярным местом для венчаний среди московской аристократии и интеллигенции. Так, в 1801 году здесь состоялось венчание графа Николая Петровича Шереметева с крепостной актрисой Прасковьей Ивановной Жемчуговой. В 1816 году писатель Сергей Тимофеевич Аксаков обвенчался с Ольгой Семёновной Заплатиной, дочерью генерала С. Г. Заплатина. В 1866 году в храме сочетались браком Константин Петрович Победоносцев и Елизавета Алексеевна Энгельгардт. В 1918 году здесь обвенчалась Елена Сергеевна Нюренберг, будущая жена Михаила Булгакова, со своим первым мужем Юрием Михайловичем Неёловым.
Известно, что писатель Николай Васильевич Гоголь, проживавший неподалёку, был прихожанином этого храма в последние годы своей жизни. Несмотря на то, что отпевание Гоголя состоялось в университетской церкви мученицы Татианы, запись о его смерти была внесена в метрическую книгу церкви Симеона Столпника, а обряд отпевания совершил священник именно этого храма.
После революции 1917 года храм оставался действующим некоторое время. С 1934 по 1938 годы в здании церкви проводились службы обновленцев. 22 сентября 1938 года Краснопресненский райсовет принял постановление о передаче здания храма Райпромтресту. В этот период были снесены ограда храма, разрушены приходские постройки, демонтированы некоторые элементы самого здания. В помещении церкви разместились трудовые мастерские для глухонемых, которые во время Великой Отечественной войны работали на нужды фронта. В послевоенные годы в здании храма находилась мастерская «Мединструмент», а также керосиновая лавка.
В 1960-х годах, при проектировании Нового Арбата, храм не вписывался в ряд запланированных новостроек, и было принято решение о его сносе. Однако благодаря усилиям общественности здание удалось сохранить. В 1966–1968 годах была проведена масштабная реставрация под руководством архитектора В. И. Балдина. В ходе работ восстановили изначальную форму кровли, разобрали поздние пристройки, восстановили сводчатые перекрытия трапезной, два яруса кокошников и основной объём храма, а также первоначальные формы оконных и дверных проёмов с их декоративным обрамлением. После реставрации маковки церкви были увенчаны крестами, однако по распоряжению властей они были сняты.
В 1968 году в здании храма разместился выставочный зал мелких животных и птиц Всероссийского общества охраны природы, что привело к практически полному уничтожению интерьеров. В 1990-х годах в помещении церкви проводились выставки живописи и народного искусства. В 1990 году на главки храма вновь установили кресты. В 1991 году здание было возвращено Русской Православной Церкви, и в следующем году в нём возобновились богослужения.
