В 1886 году, с соизволения покровительницы Дома милосердия Евгении Максимилиановны, началась разработка проекта нового храма. Строительство церкви было обусловлено потребностью в духовном окормлении воспитанниц отделения для несовершеннолетних девочек при Санкт-Петербургском Доме милосердия. Проектирование и строительство храма были поручены архитектору В.А. Пруссакову. Здание возведено в 1887–1889 годах и освящено 29 мая (11 июня) 1889 года.
Архитектурно храм выполнен в русском стиле с элементами эклектики. Здание построено из кирпича двух цветов, что придает фасадам выразительность. Храм увенчан деревянным куполом и одноярусной шатровой колокольней над входом. Внутреннее убранство включало иконостас и росписи, соответствующие православным канонам.
С момента освящения церковь функционировала при Доме милосердия, обеспечивая духовное окормление воспитанниц и персонала учреждения. В 1932 году, в период антирелигиозной политики советского государства, храм был закрыт. Здание использовалось для различных нужд, включая размещение Выборгского почтового узла связи. В этот период были утрачены многие элементы внутреннего убранства, а также демонтированы колокола и главы с крестами.
В годы Великой Отечественной войны здание храма подверглось значительным разрушениям. Деревянная колокольня была разобрана на дрова, а само здание использовалось не по первоначальному назначению.
