История храма восходит к XVII веку, когда в 1635 году казаки и крестьяне из Центральной России основали село Ложниково. В 1637 году была построена первая церковь, названная Спасо-Преображенской, по заказу Спасского кафедрального собора города Тары. Эта церковь сгорела, и в 1884 году на средства прихожан и неизвестного благотворителя была возведена новая однопрестольная деревянная церковь с колокольней. Здание было окрашено масляной краской и отличалось прочностью, но имело ограниченную вместимость. В 1898 году при церкви была построена церковно-приходская школа. В годы советской власти церковь была закрыта, здание разобрано и перевезено в деревню Михайловка, расположенную в 7 километрах от Ложниково.
В 2005 году по инициативе попечительского совета, в частности Алексея Андреевича Ценёва, было принято решение о восстановлении храма. 24 июня того же года митрополит Феодосий освятил место под строительство нового храма. Строительство велось с 2006 по 2010 годы на средства селян, а также при поддержке меценатов Алексея и Анатолия Ценёвых и деревообрабатывающего предприятия под руководством Акопа Аршалуйсовича Мхитаряна, которые также изготовили иконостас. Проект храма разработал Александр Алексеевич Трусов. Освящение фундамента состоялось 1 июня 2006 года, а чин освящения куполов прошёл 19 августа 2008 года. 29 августа 2010 года строительство было завершено, и храм был освящён иерейским чином.
Архитектурно храм представляет собой деревянное здание высотой около 20 метров, увенчанное тремя золотыми куполами. Имеется звонница с пятью колоколами, привезёнными из Златоуста. Храм построен в традициях русского деревянного зодчества с использованием современных строительных технологий. Внутреннее убранство оформлено в соответствии с канонами православной церкви, включая иконостас и необходимые церковные принадлежности.