Он является памятником православной архитектуры конца XIX века и входит в состав Ставропольской и Невинномысской епархии Русской Православной Церкви.
История храма начинается в 1887 году, когда на Съезде духовенства Ставропольской епархии был поднят вопрос о создании епархиального свечного завода. В 1888 году завод был построен на южном склоне Мутнянской долины, на территории так называемого «нового форштадта» города Ставрополя. Завод снабжал епархию стеариновыми и восковыми свечами, качество которых было отмечено медалями высшего достоинства на российских и зарубежных выставках. При заводе в 1893 году была открыта церковно-приходская школа для 50 детей работников предприятия. В 1894 году на средства завода была построена и 2 декабря освящена домовая церковь в честь Преображения Господня.
Архитектурно храм представлял собой двухэтажное каменное здание с двумя куполами, один из которых служил звонницей. Здание было выполнено в стиле эклектики, характерном для конца XIX века. Церковь находилась в окружении ясеневой рощи, озёр и фруктового сада, создавая уникальный архитектурно-ландшафтный ансамбль.
Вплоть до начала XX века храм сохранял статус домовой церкви при свечном заводе. Несмотря на ходатайства причта об изменении статуса на приходской, церковь оставалась домовой. С приходом советской власти храм не был закрыт и стал центром духовной жизни города, сохранив верность патриарху Тихону в годы гонений и раскола. Богослужения и церковные таинства продолжались до марта 1961 года, когда церковь была закрыта.
В начале 1950-х годов здание храма было передано Северо-Кавказскому военному округу под военный госпиталь. Купола и звонница были демонтированы, а внутреннее пространство перестроено. Службы стали проходить в одноэтажном здании по адресу улица Партизанская, 30, которое сохранилось до настоящего времени.
Возрождение храма началось в 1998 году, когда было совершено первое богослужение после длительного перерыва. К лету 2001 года госпиталь полностью освободил помещения церкви. С этого времени начались реконструкционно-реставрационные работы, включая восстановление куполов и внутреннего убранства. При храме была открыта Регентская школа, готовящая руководителей церковных хоров, а также Воскресная школа для детей. Храм стал центром духовно-культурной жизни города, проводя литературно-музыкальные спектакли, вечера православия и другие мероприятия.