Первые сведения о церковной жизни в станице Ирклиевской относятся к концу XVIII века. В 1796 году жители Ирклиевского куреня совместно с Брюховецким обратились к епископу Феодосийскому и Мариупольскому Гервасию с просьбой разрешить строительство храма и назначить священника. Прошение было удовлетворено, и в 1797 году образован приход, первым священником которого стал казак Вышестеблиевского куреня Гавриил Кус. Первоначально богослужения совершались во временной походной церкви, что объяснялось частыми перемещениями куреня до окончательного обоснования на реке Рыбной.
Каменный храм во имя Покрова Пресвятой Богородицы был построен в 1834 году на средства прихожан, составившие 16000 рублей серебром. Строительство велось украинскими мастерами, получившими помимо денежного вознаграждения натуральные продукты от казаков. Храм освящен в 1835 году. Здание было деревянным на каменном фундаменте, пятиглавым, с железной кровлей и отдельно стоящей колокольней на четырех столбах. В клировых ведомостях отмечается наличие одного престола и прочной деревянной ограды.
В 1873 году на приход назначен священник Варфоломей Потапиевич Сергиев, прослуживший здесь более 40 лет. За этот период он занимал должности законоучителя в местной школе, депутата по следственным делам (с 1881 года) и духовника благочиния (с 1885 года). В 1917 году он был возведен в сан протоиерея. В советский период здание храма использовалось как дом культуры.
Современный храм Покрова Пресвятой Богородицы в станице Ирклиевской построен не позднее 2004 года. Приход зарегистрирован как местная религиозная организация 15 декабря 2003 года и входит в состав Тихорецкой епархии Русской Православной Церкви. Административно относится к Выселковскому району Краснодарского края.