Станица Филимоновская была основана в конце XVIII века как часть Азово-Моздокской оборонительной линии Российской империи. С самого начала существования станицы православная вера играла важную роль в жизни её жителей. Первые богослужения проводились в деревянной церкви, построенной в начале XIX века. Однако точная дата её возведения не установлена. С течением времени деревянное здание обветшало, что вызвало необходимость строительства нового храма.
В 1870-х годах было принято решение о возведении каменного храма во имя Покрова Пресвятой Богородицы. Строительство велось на средства прихожан и при поддержке местных властей. Новый храм был освящён в 1882 году. Он представлял собой однокупольное здание с колокольней, выполненное в традиционном русском стиле. Архитектурные особенности включали кирпичную кладку, декоративные элементы на фасадах и внутреннюю роспись, выполненную местными мастерами.
В начале XX века храм стал центром духовной жизни станицы. При нём действовала церковно-приходская школа, где обучались дети казаков. Храм также служил местом проведения общественных собраний и праздников. В этот период были обновлены внутренние росписи и иконостас, а также проведены ремонтные работы.
После Октябрьской революции 1917 года и установления советской власти начались гонения на церковь. В 1930-х годах храм был закрыт, а его имущество конфисковано. Здание использовалось в качестве склада и постепенно приходило в упадок. Колокольня была разрушена, а внутреннее убранство уничтожено.
В 1943 году, во время Великой Отечественной войны, здание храма было частично разрушено в результате боевых действий. После окончания войны здание не использовалось и продолжало разрушаться. Лишь в 1990-х годах, с началом процесса возрождения религиозной жизни в России, начались работы по восстановлению храма. Местные жители и прихожане собрали средства на реставрацию, которая проводилась поэтапно.
К 2005 году основные восстановительные работы были завершены. Были восстановлены купол и колокольня, проведены внутренние отделочные работы, установлены новые иконы и иконостас. Храм вновь стал действующим и начал проводить регулярные богослужения. При нём была открыта воскресная школа и организованы различные церковные мероприятия.
