Строительство храма началось в 1839 году и завершилось в 1843 году. Храм был возведён в центре села и стал первым из трёх храмов, расположенных на одной линии, наряду с храмом Живоначальной Троицы (освящён в 1907 году) и храмом преподобного Серафима Саровского (освящён в 1913 году).
Архитектурно храм представляет собой каменное здание, выполненное в стиле классицизма с элементами эклектики и русско-византийского направления. Фасады украшены декоративными элементами, характерными для церковного зодчества того периода. Внутреннее убранство включает иконостас и росписи, соответствующие канонам православной церкви. Особое внимание уделено сохранению исторического облика храма в процессе реставрационных работ.
В 1930-е годы храм был закрыт и в период Великой Отечественной войны подвергся разрушению. После войны здание использовалось как Дом культуры, а затем было заброшено. В 1960 году в одном из помещений здания размещался районный музей. В 1990-е годы здание было заброшено.
С 2008 года Министерство культуры Ставропольского края уделяет внимание восстановлению храмов села Труновское, включая храм Покрова Пресвятой Богородицы. . В настоящее время в храме проведены все наружные реставрационные работы, на завершающей стадии – внутренние отделочные работы.
