Инициатива строительства каменного храма в селе Шила восходит к указу от 26 сентября 1778 года, однако из-за недостатка средств реализация проекта была отложена. Лишь в декабре 1826 года жители деревни Шилинской на сходе приняли решение о строительстве церкви и избрали церковного строителя — крестьянина Аверкия Ивановича Темных. В начале 1827 года он обратился к енисейскому губернскому архитектору Павлу Фёдоровичу Воцкому с просьбой о предоставлении проекта храма. Проектные чертежи были готовы к апрелю 1827 года. Строительство началось в 1829 году и завершилось в 1836 году. В 1850 году к церкви была пристроена колокольня.
Архитектурно храм представляет собой однокупольное крестообразное в плане здание, выполненное в традициях русского классицизма. Колокольня, пристроенная в 1850 году, гармонично дополняет композицию. Церковь построена из кирпича и оштукатурена, фасады украшены элементами, характерными для классицизма.
В 1975 году произошло обрушение сводов северного притвора, после чего богослужения были перенесены в домовый храм. В 1990 году решением исполнительного комитета Красноярского краевого Совета народных депутатов здание церкви было поставлено на государственную охрану как памятник истории и культуры местного значения. В 1995 году указом Президента Российской Федерации памятник был отнесён к объектам культурного наследия федерального значения.
В 2005 году была проведена реставрация храма, в ходе которой были восстановлены утраченные элементы и укреплены конструкции здания. В канун праздника Покрова Пресвятой Богородицы, 13 октября 2009 года, состоялась церемония освящения Свято-Покровской церкви.
