Село Ратчино впервые упоминается в документах 1633 года как вотчина Ново-Спасского и Чудова монастыря. В тот период в селе уже существовала деревянная церковь во имя Покрова Пресвятой Богородицы. Согласно окладной книге 1676 года, при храме числились дворы духовенства: попа Феодота, попа Григория, пономаря и просвирницы. Земельные угодья храма составляли 15 четвертей в трёх полях, сенокосные земли — 40 копен. Приход включал 184 двора, преимущественно драгунских и солдатских.
В 1840 году на месте обветшавшей деревянной церкви был возведён каменный храм в честь Покрова Пресвятой Богородицы. Архитектурный стиль сооружения можно отнести к эклектике. В 1864 году к храму пристроили четырёхъярусную колокольню. В 1870 году вокруг церкви возвели каменную ограду, а в 1881 году обновили иконостас и настенную живопись. В 1877 году прихожане собрали 2475 рублей 55 копеек на приобретение двух колоколов.
10 сентября 1912 года были освящены два новых придела: во имя святого апостола и евангелиста Иоанна Богослова и во имя святого великомученика Пантелеимона. Средства на церковную утварь для приделов пожертвовали церковный староста Яков Иванович Зелепукин и раненбургские купцы братья Поповы. С 1870 года при храме действовала церковно-приходская школа, первоначально размещавшаяся в доме священника, а затем в специально построенном здании.
В 1930-х годах храм был закрыт, колокольня разрушена. Богослужения возобновились в 1991 году. 12 ноября 1991 года приход был официально зарегистрирован. В 1992 году храм получил статус объекта культурного наследия регионального значения. В последующие годы проводились работы по восстановлению колокольни и купола.