Село Подгородняя Покровка было основано 5 августа 1777 года купцом-татарином Ибрагимом Бектемировичем Чанышевым, родом из Касимовского уезда Воронежской губернии. Началом основания села стал хутор Чанышевский, и в 1832 году рядом расположился хутор Подгородний помещика отставного майора Ивана Семеновича Шубина. Таким образом, настоящее село Подгородняя Покровка начало формироваться в конце XVIII века.
В 1842 году в селе был открыт молитвенный дом. В 1861 году, при численности населения 556 человек на 91 двор, было получено разрешение на строительство деревянной церкви на каменном фундаменте. Освящение церкви в честь Покрова Пресвятой Богородицы состоялось 29 сентября 1863 года.
В 1888 году неподалеку от храма на средства жителей села была построена церковно-приходская школа на четыре класса. В 1910 году храм был перестроен и торжественно освящен 24 октября епископом Челябинским Дионисием.
С 1930 года церковь пустовала, службы проводились нерегулярно, преимущественно на главные праздники приезжающим из города священником. Последнее богослужение состоялось на Пасху 1935 года. В августе того же года помещение церкви было передано под зернохранилище местного колхоза. В 1948 году здание передали лесозащитной станции, а затем отдали под мастерские машинно-тракторной станции. Для того чтобы в церковь могли заезжать машины и тракторы, были прорублены ворота в алтарной стене и со стороны колокольни. Деревянный пол заменили цементным, до карниза была содрана вся деревянная обшивка. После МТС хозяином здания стал местный техникум.
В 1991 году храм был возвращен верующим. Начались восстановительные работы: проломы в стенах были заложены пропитанными креозотом шпалами, построена колокольня и приобретены колокола, выполнена наружная обшивка стен виниловым блокхаусом, заменены деревянные окна на пластиковые.
2 января 2022 года примерно в 22:00 в храме произошло возгорание. Приехавшим на вызов пожарным удалось полностью потушить горение спустя 9 часов. В результате храм практически сгорел полностью.
