В 1960-х годах, в период активной антирелигиозной политики Советского Союза, храм был разрушен. На его месте был установлен мемориал воинам-жителям села Натальевка, погибшим в годы Великой Отечественной войны.
В 1989 году, после смягчения государственной политики в отношении религии, был создан приход, и началось строительство нового храма на месте ранее существовавшей деревянной церкви. К 1999 году здание было полностью построено, завершены внутренние работы и установлен иконостас. С августа 1999 года в храме начали регулярно проводиться богослужения.
В 2017 году была разработана проектная документация и получено разрешение на строительство нового здания храма. В 2018 году начались подготовительные и строительные работы. К 2020 году завершена заливка стен цокольного этажа, а в 2023 году залита монолитная плита перекрытия цокольного этажа.