Храм в честь святой равноапостольной Марии Магдалины в хуторе Красный Десант был сооружен в 1858 году помещиком Константином Егоровичем Бенардаки, сыном капитана русского фрегата «Феникс» Георгия Бенардаки. Первое богослужение совершено 27 октября 1858 года священником Александром Николаевичем Говоровым. Изначально храм являлся приходским для сельца Марьевка Таганрогского округа, основанного в XVIII веке. После 1874 года имение перешло во владение Якова Соломоновича Полякова, и населенный пункт был переименован в Поляковку.
Здание храма выполнено в форме креста в плане, скомпоновано под одной крышей с трехъярусной шатровой колокольней. Конструкция представляет собой кирпичный четверик с восьмигранным световым барабаном, перекрытым приплюснутым шатром-луковицей. Архитектурный декор сочетает элементы раннего Ренессанса и русского классицизма, включая древнерусский кокошник над главным входом. Восьмигранный барабан имеет 16 вытянутых окон с полукруглым завершением.
В 1899 году при храме была открыта Ново-Марьевская церковно-приходская бесплатная библиотека-читальня. В храме находились две мраморные плиты с упоминанием о захоронениях храмоздателя К.Е. Бенардаки, его матери Марии Дмитриевны и сына Сергея. В 1924 году населенный пункт получил современное название Красный Десант в память о высадке красноармейского десанта в 1918 году.
В советский период храм был закрыт, разграблен и использовался как складское помещение. В послевоенные годы здание адаптировали под бильярдную дома отдыха, размещенного в бывшей усадьбе Полякова. В 1960-е годы рассматривался проект перестройки храма под плавательный бассейн, который не был реализован. К концу 1980-х годов здание находилось в полуразрушенном состоянии.
Восстановительные работы начались в 1988 году. К 1993 году были восстановлены стены, кровля, сводчатые потолки, устроен пол из метлахской плитки, воссоздан каркас деревянного иконостаса. Частично восстановлена кирпичная ограда и надвратная часть в древнерусском стиле. На подворье построены приходской дом с церковно-приходской школой и здание мастерских. В храме имеется мощевик с частицами мощей святых, включая святую Марию Магдалину, преподобного Макария Калязинского и других.